SSR分子标记开发
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题
简介:

       SSR
Simple Sequence Repeats),又叫微卫星DNA(Microsatellite DNA)。重复单元很短,只有1-6 bp;重复数可变,总长度为几十个bp,分布于整个基因组的不同位置上。微卫星DNA两端的序列一般是相对比较保守的单拷贝序列,据此可设计特异引物进行PCR扩增。根据串联重复数不同,便可以揭示微卫星DNA长度的多态性,具长度多态性的片段可用作分子标记。微卫星标记因具多态性丰富、重复性好、共显性等优点广泛应用于遗传图谱构建、种群遗传学、指纹分析、系统发育等研究领域。
 
一、技术路线

Roche 454 GS FLX+

二、生物信息分析

 

1.原始数据整理、过滤及质量评估

    ♦测序数据量统计

    ♦测序质量评估

        单碱基质量分布

        碱基GC含量

        模糊碱基分布

 

2.SSR分析

    ♦SSR搜索

    ♦重复序列信息

        SSR碱基分布

          不同长度SSR分布

    ♦引物设计

        引物列表

 

3.样品间SSR聚类及统计比较

    ♦相似SSR统计

 

三、样品要求

 

1 基因组DNA:浓度≥100 ng/μl,总量≥10 μgOD260/280介于1.8~2.0之间,电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整。样品浓度越高越好。

 

2 血液样品:≥1ml,请使用专业抗凝管储存样品。

 

3 动物组织样品:要求新鲜动物组织,避免脂肪组织,各样品重量>10g,干冰或液氮保存寄送。

 

4 植物组织样品:要求新鲜较嫩的叶片组织,各样品重量>10g,干冰或液氮保存寄送。

 

5 样品中有多糖、糖蛋白的残留,往往对打断DNA样品带来非常大的麻烦,且很难去除,因此特别要求,客户提供的样品一定要将多糖或糖蛋白去除干净。

 

6 样品保存期间切忌反复冻融。

 

7 请使用冰袋或干冰运输,避免DNA降解。

 

8 请填写完整的送样单,用自封袋密封后随同样品一起送样。

 

四、应用领域

 

1、可进行未知基因组的物种进行SSR标记开发。

 

2、文库筛选率高,可最高达70%;而传统方法筛选率在30%左右。

 

3、数据产出量高,可得到几十万条包含SSR位点的序列。

 

4、结合高通量测序技术及强大的生物信息分析技术,可对整个未知基因组进行搜寻,提高分子标记的开发力度。更容易发现新的SSR标记。

 

5、更专业的SSR标记分析系统,个性化的数据分析。