简化基因组测序
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题
简介:
 
   简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS,顾名思义是对部分基因组进行序列测定。它是指利用生物信息学方法,设计标记开发方案,富集特异性长度片段,应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。 
    

一、技术路线


Illumina HiSeq2000Ion Proton

 

二、生物信息分析

 

1. 原始数据整理、过滤及质量评估 

 

2. SNP分析:
    进行基因组定位(有参)
    ♦Stacks聚类
    ♦产生stacks目录
    ♦SNP鉴定

 

3. 群体多态性:
    遗传参数分析:FstπHexpρtajima’s D
   ♦群体分层分析
   ♦群体进化关系分析
   ♦PCA分析
    群体特异位点搜寻

 

4. 遗传图谱:
     遗传图谱构建
    ♦连锁分析
    ♦关联分析

 

三、结果展示

   

 

四、样品要求

 

1、动物组织样品:要求新鲜动物组织,避免脂肪组织,每个样品重量>10 g

 

2、血液样品:每份新鲜血液样本的体积>5 mL

 

3、植物样品:要求新鲜较嫩的叶片组织,每个样品重量>10 g,干冰或者液氮保存寄送。

 

4DNA样品:请提供浓度>100 ng/μl,总量>20 μgDNAOD 260/280介于1.8-2.0之间,并确保DNA无降解。

 

5、样品保存期间切忌反复冻融。

 

6、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

 

五、派森诺优势

 

1.平台优势:拥有Roche 454 FLX+Ion ProtonIllumina MiseqIllumina HiSeq2000等高通量测序平台,多种平台联合应用,优势互补,满足客户不同需求。

 

2.技术团队:拥有经验丰富技术人员,专业的生物信息团队和大型计算机服务系统,可提供个性化生物信息分析服务。

 

3.项目周期:个人型测序平台,无需长时间凑样上机,极大缩短项目周期。