WGBS-Seq
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题
简介:
   
    
  全基因组甲基化测序(Whole Genome BS-Seq)是将重亚硫酸盐(Bisulfite)处理方法和Illumina高通量测序平台相结合,对有参考基因组信息的物种进行全基因组范围内的甲基化水平的测序。可以精确到单碱基分辨率,精确分析每一个C碱基的甲基化状态,从而构建全基因组甲基化图谱。
 
 技术路线


Ilumina HiSeq2000Ion Proton

二、生物信息分析

 

1. 原始数据整理、过滤及质量评估:
    ♦去接头及低质量序列过滤
    ♦测序质量评估

 

2. 甲基化基础信息分析:
    ♦测序序列与参考基因组比对
    ♦测序深度和覆盖度分析:C碱基测序有效深度分布以及覆盖度统计和CHH平均甲基化水平,CpGCHGCHH中的所有C碱基的甲基化水平

 

3. 甲基化高级信息分析:
    ♦甲基化C碱基中CGCHGCHH的分布比例
    ♦各条染色体、不同基因区域和不同基因元件区域中CGCHGCHHC的甲基化水平
    ♦CHGCHH中甲基化胞嘧啶附近9 bp的序列特征分析全基因组甲基化图谱:染色体水平的甲基化胞嘧啶密度分布,不同基因组区域和转录元件中的DNA甲基化水平
    ♦差异性甲基化区域筛选(DMR
    ♦差异甲基化位点或区段的CpG岛注释和基因注释

 

三、结果展示

   

 


四、样品要求

 

1. 样品质量要求:OD260/280值应在1.8-2.0之间。电泳检测无明显RNA污染,基因组条带清晰、完整,无降解。

 

2. 样品浓度要求:MBD-seqMeDIP-seq:浓度≥50 ng/ul;总量不低于15 ugBS-seq:浓度≥100 ng/ul;总量不低于20 ug

 

3. 样品信息:请仔细填写DNA样品信息表,提供DNA样品编号、数量、浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。并且请同时提供质量检测相关数据和图片,包括分光光度、电泳胶图或Nanodrop仪器检测数据。

 

4. 样品包装:对DNA样品,我们建议使用1.5 ml离心管装载样品,并且用封口膜密封。并请在各样品管上做好清楚的标识,最好写在标签纸上,贴在管壁。

 

5. 样品运输:DNA样品请用干冰或者冰袋运输。干冰运输时间不要超过72小时;冰袋运输,时间最好不要超过24小时。

 

五、派森诺优势

 

1. 根据实际需求可个性化定制测序及分析方案。

 

2. 严谨的实验流程和可靠的检测结果,保证数据分析结果准确可信。

 

3. 分析结果的图表参考国际顶级期刊设计,可直接用于文章写作。

 

4. 与转录组等数据进行联合分析,深度挖掘生物信息资源。