ChIP-Seq
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题
简介:

    染色质免疫共沉淀技术(Chromatin ImmunoprecipitationChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP 与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq 技术,能够高效地检测全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
    ChIP-Seq 的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。

一、技术路线

Ilumina HiSeq2000、 Ion Proton
 

二、生物信息分析

1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. ChIP-Seq
序列与参考基因组序列的比对
3. Peak Calling
(统计每个样品的Peak片段信息)
4. Peak Annotation
(根据已有的基因组数据库注释信息获得所有Peak位点信息)
5. Motif
预测、基因集分析
6.
全基因组范围的峰值分布
7.
样品间差异Peak分析
8.
基因组水平和感兴趣区域的数据可视化

三、结果展示
   
四、样品要求

1、质量要求:ChIP DNA OD 260/280应在1.8至2.0之间。DNA片段大小在100-500 bp范围内,主带明显,建议在250 bp左右,同时请提供DNA打断时的检测胶图。样品最好经过ChIP-PCR验证。

2、浓度要求:样品量≥60 ng,浓度≥200 pg/μl。若单次ChIP后DNA量不够,建议将2-3次ChIP的DNA合并在一起。

3、样品包装:样品溶于超纯水中,放于DNase-free的1.5 ml离心管中,管口用封口膜封好。请在样品管上做好清楚的标识,最好写在标签纸上,贴在管壁。

4、样品信息:请仔细填写样品信息表,并且请同时提供质量检测相关数据和图片,包括分光光度、电泳胶图或Nanodrop仪器检测数据等。同样品一起送样。

5、样品运输:DNA样品请用干冰或者冰袋运输。干冰运输时间不要超过72小时;冰袋运输,时间最好不要超过24小时。

五、派森诺优势

1.根据实际需求可个性化定制测序及分析方案。

2.严谨的实验流程和可靠的检测结果,保证数据分析结果准确可信。

3.分析结果的图表参考国际顶级期刊设计,可直接用于文章写作。

4.与转录组等数据进行联合分析,深度挖掘生物信息资源。