LncRNA测序
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经典案例一
经典案例二
常见问题

产品介绍

长链非编码RNAs(Long non-coding RNAs,LncRNAs)是一类转录本长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内。哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是LncRNA(相应的蛋白编码RNA比例是1%)。近年来研究表明,LncRNA参与了多种重要的调控过程,如X染色体沉默、基因组印记及染色质修饰等。通过LncRNA测序,可以快速获得与其生物学过程或者疾病相关的LncRNA的表达变化,从而促进LncRNA的深入研究。

技术路线

测序平台

Illumina HiSeq平台,Illumina NextSeq 500平台

分析内容

常规分析项目

高级分析项目

原始数据整理、过滤及质量评估

mRNA及LncRNA联合分析

参考基因组注释信息整理

组间共有特有差异基因可视化

比对到参考基因组及结果评估

转录组可视化平台搭建

基因表达量统计

转录本表达差异分析

表达差异基因分析

外显子表达差异分析

表达差异基因GO富集分析

蛋白网络互作分析

表达差异基因KEGG富集分析

基因组圈图

表达差异基因聚类分析

共表达网络分析

cSNP分析

比较转录组分析

新转录位点预测

表达水平差异分析

可变剪切分析

表达模式聚类分析

UTR分析

LncRNA靶基因预测-cis

LncRNA编码潜能筛选

LncRNA靶基因预测-trans(序列法)

LncRNA表达量统计及差异分析

LncRNA靶基因预测-cis(统计法)

差异表达LncRNA靶基因富集分析

CNC共表达注释

结果展示

RNA-seq Reads在基因组上分布

我们提供RNA-seq Reads在基因组上比对结果的bam格式文件,部分物种还提供相应的参考基因组和注释文件,并推荐使用IGV (Integrative Genomics Viewer) 浏览器对bam文件进行可视化浏览。

基因结构及表达图:绿色代表蛋白编码基因,洋红色代表LncRNAs。从reads在基因上的分布情况可以看出,相对于mRNA,检测LncRNA 需要较高的测序深度。

特异LncRNA与mRNA网络互作分析

LncRNA与mRNA可以通过靶向关系进行关联,mRNA和mRNA之间可以通过蛋白质互作关系进行关联,从而可以形成LncRNA-mRNA-protein的互作网络关系。

LncRNA与蛋白编码基因的调控互作网络,最外面一圈为LncRNAs,第二圈为蛋白编码基因,依次交替。