Small RNA测序
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经典案例一
经典案例二
常见问题

产品介绍

Small RNA是一类重要的体内调节分子,长度在18-30 nt之间,主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默,参与基因转录后调控,从而调节细胞生长、分化,以及个体发育、生殖等重要生物学过程。高通量测序技术可以对样本中所有small RNA家族进行测序和表达定量,从而解析miRNA、siRNA、piRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。

技术路线

测序平台

Illumina HiSeq平台,Illumina NextSeq 500平台

分析内容

常规分析项目

高级分析项目

原始数据过滤

组间共有特有差异基因可视化

Clean reads 长度分布统计

已知 miRNA 碱基偏好性

公共及特有序列 Venn 图

已知 miRNA 碱基编辑

基因组比对

miRNA 家族分析

已知 miRNA 注释

miRNA 保守性分析

已知 piRNA 注释

差异表达 miRNA 聚类分析

ncRNA 分析

miRNA靶基因预测

重复序列比对

靶基因富集分析(GO)

新 miRNA 预测

靶基因富集分析(KEGG)

Small RNA 分类注释统计

miRNA与mRNA互作分析

miRNA 丰度差异分析

 

结果展示

差异microRNA前体与转录因子结合网络

利用microRNA与转录因子序列的结合匹配,得到能对microRNA前体的转录进行调控的转录因子,基于转录因子与microRNA的调控关系,构建得到转录因子对microRNA的调控网络。

miRNA-转录因子调控网络,方块代表转录因子,圆圈代表miRNA

差异microRNA靶基因GO和pathway富集及网络分析

找出差异miRNA的靶基因,应用DAVID(http://david.abcc.ncifcrf.gov/)对这些基因进行GO注释和KO注释,并进行网络分析。

miRNA-基因调控网络,方块代表miRNA,圆圈代表基因

miRNA-GO调控网络,方块代表miRNA,圆圈代表GO功能类