微生物基因组重测序
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题
简介:

伴随着基因组测序技术的进步,被测序的微生物基因组越来越多。基因组重测序是指对基因组序列已知的物种个体进行基因组测序,从而获得该物种个体或群体的差异的测序方法。目前微生物基因组重测序被广泛应用于病原微生物的检测及鉴定、病原菌演变及起源、致病菌种群结构及种群结的进化等众多方面。

一、技术路线
Illumina MiSeqIllumina HiSeq2000

二、生物信息分析

1. 原始数据整理、过滤及质量评估

2. 基因组重测序分析:

♦与参考基因组比对(共线性)

♦SNPs和InDel的检测及在基因组的分布

♦CNV和SV的检测及在基因组的分布

包含变异基因的COGGO分析

三、结果展示

四、样品要求

1、细菌:Miseq DNA PE 文库浓度≥20 ng/ μl,总量≥6 μg(荧光定量);Miseq DNA MP 文库浓度≥40 ng/ μl,总量≥12 μg(荧光定量);454 DNA库浓度≥20 ng/ μl,总量≥3 μg(荧光定量)。电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整,主带应在100 kb以上,DNA无降解,无污染。提供菌粉>1g,菌液>5 ml,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

2、真菌:Miseq DNA PE 文库浓度≥20 ng/ μl,总量≥6 μg(荧光定量);Miseq DNA MP 文库浓度≥40 ng/ μl,总量≥12 μg(荧光定量);454 DNA库浓度≥20 ng/ μl,总量≥3 μg(荧光定量)。提供组织样品应>1 g,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

3、样品保存期间切忌反复冻融。

4、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

5、提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一起送样

五、派森诺优势

1.平台优势:拥有ABI 3730 XLRoche 454 FLX+Illumina MiseqIllumina HiSeq2000高通量测序平台,多种平台联合应用,优势互补,满足客户不同需求。

2.技术团队:拥有经验丰富技术人员,专业的生物信息团队和大型计算机服务系统,可提供个性化生物信息分析服务。

3.项目周期:个人型测序平台,无需长时间凑样上机,极大缩短项目周期。

4.免费服务:免费方案设计、免费标准分析、免费论文润色。