微生物基因组从头测序
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题
简介:

微生物广泛存在于自然界中,与人类的生产和生活息息相关。微生物生物多样性丰富,基因组具有相对较小、重复序列较高、易于突变等特点,因此很必要对微生物进行全基因组测序,而且同动植物相比较在时间和成本上也容易实现。目前,全基因组测序成为微生物遗传进化、疾病预防控制、生物工程技术等方面重要的研究和开发手段。

一、技术路线
Illumina MiSeq

二、生物信息分析

1. 原始数据整理、过滤及质量评估

2. Survey 分析 (基因组大小估计)

3. 基因组拼装与分析:
序列拼装
拼装统计(N20N50N90、总拼接长度、最长拼接长度、GC含量、总序列数量、>1 kb序列数量、N数量、N比例、测序深度等)
测序深度分布图
基因组圈图绘制(仅适用于完成图)

4. 功能元件分析

5. 蛋白编码基因功能注释:
♦序列比对 (数据库:refseq)
♦GO注释 (数据库:refseq)
♦COG注释 (数据库:eggNOG)
♦KEGG注释(KAAS,BBH)

6 比较基因组学分析:
基因家族分析(共有基因,特有基因分析)
共线性
基于 16s rDNA 18s rDNA的进化分析

三、结果展示

 

 
四、样品要求
 
1、细菌:Miseq DNA PE文库浓度≥20 ng/ μl,总量≥6 μg(荧光定量);Miseq DNA MP文库浓度≥40 ng/ μl,总量≥12 μg(荧光定量);454 DNA库浓度≥20 ng/ μl,总量≥3 μg(荧光定量)。电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整,主带应在100 kb以上,DNA无降解,无污染提供菌粉>1 g,菌液>5 ml,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

2、真菌:Miseq DNA PE 文库浓度≥20 ng/ μl,总量≥6 μg(荧光定量);Miseq DNA MP 文库浓度≥40 ng/ μl,总量≥12 μg(荧光定量);454 DNA库浓度≥20 ng/ μl,总量≥3 μg(荧光定量)。提供组织样品应>1 g,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

3、样品保存期间切忌反复冻融。

4、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm 膜密封。

5、提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一起送样。

五、派森诺优势

1.平台优势:拥有ABI 3730 XLRoche 454 FLX+Illumina MiseqIllumina HiSeq2000高通量测序平台,多种平台联合应用,优势互补,满足客户不同需求。

2.技术团队:拥有经验丰富的技术人员,专业的生物信息团队和大型计算机服务系统,可提供个性化生物信息分析服务。

3.项目周期:个人型测序平台,无需长时间凑样上机,极大缩短项目周期。

4.免费服务:免费方案设计、免费标准分析、免费论文润色。