动植物基因组从头测序
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题

动植物基因组从头测序 

De novo测序,即从头测序,是指为了获得该物种完整的基因组序列图谱,构建不同长度的DNA片段文库进行序列测定,然后用生物信息学方法对片段进行拼接、组装和注释。基于PacBio三代测序平台拥有长读长、无GC偏好性等特点,能够覆盖基因组中的复杂和GC异常的区域,显著地提高组装的contig N50。与二代相比,纯三代测序数据的组装contig N50能提高10-20倍。

应用领域

动植物基因组的从头组装

动植物基因组的优化与完善

派森诺优势

派森诺拥有PacBio Sequel及PacBio RSII单分子测序平台,提供一站式测序服务;

项目经验丰富,专业分析团队,提供个性化分析内容。

送样要求

样本

样本要求

植物组织

嫩叶鲜重2g

高等或大型动物

肌肉组织鲜重2g

微体型动物

动物体累计鲜重2g

昆虫

正常体型3g,微体型2g

血液(抗凝)

正常体型3g,微体型2g

动植物基因组分析内容

序号

分析项目

1

下机数据统计

2

数据质控

3

高质量数据获取

4

Survey 分析

5

基因组拼装

6

基因组拼装效果评价

7

基因组拼装完整性与连续性评估

8

重复序列分析

9

非编码 RNA 预测

10

蛋白编码基因预测

11

蛋白编码基因的序列比对

12

蛋白编码基因的 GO 注释

13

蛋白编码基因的 eggNOG 注释

14

蛋白编码基因的 KEGG 注释

15

蛋白编码基因的 Swiss-Prot 注释

16

序列比对分析

17

SNP 分析

18

InDel 分析

19

种群统计学分析

20

基因家族分析

21

Venn 绘制

22

单拷贝基因的蛋白序列一致性分析

23

基因家族扩张和收缩分析

24

dNdS 分析

25

基于全基因组单拷贝基因的进化树重构

26

分歧时间估算

27

基因组数据上传

分析流程