全长转录组测序
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题

 全长转录组测序

基于PacBio三代测序平台的全长转录组测序,可直接获取mRNA全长序列,更为精准地解读mRNA结构信息,重点关注基因的可变剪切、融合基因等。

应用领域

l 获得基因组未知物种的基因集,用于基因功能研究

l 基因结构差异分析

l 发现新转录本

l 分子机制研究

l 基因表达调控研究

派森诺优势

完善的样品提取检测方案,保障mRNA的完整性;

派森诺拥有PacBio Sequel及PacBio RSII单分子测序平台,提供一站式测序服务;

深度测序推荐,挖掘低丰度基因信息;

专业分析团队,项目经验丰富,提供个性化分析内容。

送样要求

样本

样本要求

动植物组织

组织鲜重 0.2g,只记有效组织细胞重量

真菌

菌体、菌丝、孢子粉等湿重 0.2g

动植物和酵母细胞

5-10x106个细胞

新鲜血液(抗凝)

250μl

总RNA

总量>5µg/文库,C>300ng/ul,RIN≥8


序号

分析项目

1

原始数据整理、过滤及质量评估

2

插入片段质量控制

3

转录本分类

4

转录本聚类与校正

5

参考基因组注释整理与统计

6

比对结果统计

7

功能注释(GO、KEGG等)

8

融合基因分析

9

基因结构优化

10

SNP分析

11

可变剪切分析

12

UTR分析

13

新转录位点分析

14

基因表达量统计

15

基因表达差异分析

16

表达差异基因GO富集分析

17

表达差异基因KEGG通路富集分析

18

表达差异基因聚类分析


全长转录组实验流程

样品制备:总RNA提取
cDNA合成:Clontech SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit
文库构建: SMRTbellTM Template Prep Kit 1.0
上机测序:Sequel  Sequencing Kit 2.0
 
派森诺生物全长转录组分析内容

分析流程

派森诺特色分析内容举例

可变剪切模型可视化

上图左下角和右下角的数字分别代表该基因的起始位点和终止位点。该图一共分4行,第一行为以该基因的注释文件作出的基因模型,第二行为根据测序结果与注释文件共同作出的基因模型,第三行也是根据测序结果与注释文件共同作出的基因模型,与第二行不同的是只是画出具有代表性的isoform,第四行则是测序文件中支持各外显子的reads数目。灰色的五边形代表外显子,它们之间的连线表示不同的剪接方式。紫色背景表示有外显子出现的区域(这其中包括保留的内含子),白色背景表示没有外显子出现的区域(即内含子区域)。图中白色背景的宽度并不代表真实的内含子长度,由于有的基因内含子区域远比外显子区域长,为了更清楚地展示可变剪切模型,内含子区域会被缩短很多。

融合基因染色体分布

内圈以连线的形式展示了融合基因的两个组成基因在染色体上的分布位置,外圈则以散点图的形式展示了各位点上的基因成为多少种融合基因的组成成分的情况。