功能基因测序研究
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题

借助合适的类群特异性引物,可以检测菌群中特定种类/功能微生物的特征序列,反映菌群中该特定类群微生物的组成结构,从而发现它们的分布特征,阐明样本间多样性和组成差异,进而揭示该类群微生物中与差异相关联的关键成员。

产品特点

根据扩增片段长度,可以灵活选择二代/三代测序平台,实现对特定微生物类群的测序研究。

碳代谢、氮代谢和硫代谢循环图*

*Singer, E., Bushnell, B., Coleman-Derr, D., Bowman, B., Bowers, R.M., Levy, A., Gies, E.A., Cheng, J.-F., Copeland, A., Klenk, H.-P., et al. (2016). High-resolution phylogenetic microbial community profiling. ISME J 10, 2020-2032.

类群特异性引物示例

根据扩增片段长度,可以灵活选择二代/三代测序平台,实现对特定微生物类群的测序研究。

功能类群

基因缩写

基因名称

扩增片段大小

测序平台

碳循环

xyn

木聚糖降解酶基因

1149 bp

PacBio

pduP

丙醛脱氢酶基因

1088 bp

PacBio

氮循环

nifH

固氮酶铁蛋白基因

450 bp

Illumina

nosZ

一氧化二氮还原酶基因(反硝化作用)

252 bp

Illumina

nirS

亚硝酸盐还原酶基因(反硝化作用)

425 bp

Illumina

nirK

亚硝酸盐还原酶基因(反硝化作用)

326 bp

Illumina

硫循环

dsrAB

亚硫酸盐还原酶基因

1900 bp

PacBio

典型合作案例解读

土壤中碱性磷酸酶功能菌的组成受长期施肥方式的影响

发表期刊:Biology and Fertility of Soils

最新影响因子:3.069

发表时间:2017年

扩增片段长度:371 bp

测序平台:Illumina MiSeq

研究内容:

碱性磷酸酶(Alkaline phosphatase,ALP)主要由土壤微生物代谢产生,对于土壤磷代谢具有重要意义。本文通过高通量测序技术,研究了施肥方式对于土壤中携带ALP基因(phoD)的功能微生物类群的长期影响(超过35年)。

不同处理组的ALP功能菌群的多样性差异

ALP功能菌群的物种组成及其系统发育树图谱

RDA分析揭示各影响因素对ALP功能菌群的影响力强弱

实时荧光定量PCR验证phoD基因的含量

ALP功能菌群和各种因素对土壤ALP活性的影响示意图

参考文献:

Luo, G., Ling, N., Nannipieri, P., Chen, H., Raza, W., Wang, M., Guo, S., and Shen, Q. (2017). Long-term fertilisation regimes affect the composition of the alkaline phosphomonoesterase encoding microbial community of a vertisol and its derivative soil fractions. Biology and Fertility of Soils, 1-14.