菌群多样性组成谱测序研究

菌群多样性组成谱测序研究

菌群多样性组成谱测序以细菌/古菌16S rRNA基因可变区、真菌18S rRNA基因可变区或真菌ITS(Internal transcribed spacer)内转录间隔区等微生物特征序列(Signature sequence)为靶点,通过检测序列的变异和数量,反映菌群中各类微生物物种的身份和丰度,从而快速解码菌群物种分布特征,阐明样本间多样性和组成差异,进而发现差异相关物种。

产品特点

1. 直接对菌群样本中的微生物特征序列进行扩增检测,简单快速且性价比高,并克服了绝大部分微生物无法纯培养的难题;

2. 自动化、专业的DNA提取流程,配合高保真DNA聚合酶进行PCR扩增,并严格把控扩增循环数,确保菌群组成客观真实;

3. 使用Illumina MiSeq的小型化测序平台,周期更短,读长更长(2´300 bp),每个样本都能一次性获得数万条序列,即使低丰度物种也能精确定量;

4. 多种物种注释数据库可选,根据样本来源按需选择Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM等数据库,最优化物种的分类鉴定;

5. 可对菌群进行代谢功能预测,通过组成数据,解读潜在功能,并能指导后续宏基因组测序研究。

实验流程

微生物组总DNA提取→目标片段PCR扩增→扩增产物检测定量→测序文库制备→上机进行高通量测序

分析流程

典型分析结果展示

菌群物种分类组成的Krona交互展示图

UniFrac PCoA分析的样本三维排序图

LEfSe组间差异物种的显著性排序图

LEfSe组间差异物种的分类等级树图

RDA约束排序图

物种互作关联网络图

基于16S rRNA基因的PICRUSt功能预测小提琴图

值得一试的深度分析内容

分析项目

分析要求

CAP主坐标典型相关分析

分组≥ 2

菌群分型(Enterotype)分析

样本≥ 20

ROC曲线建模验证分析

分组≥ 2

OTU—样本二分网络分析

样本≥ 3

物种——功能一致性Circos分析

样本≥ 3