宏转录组测序研究
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题

宏转录组测序研究

宏转录组学(Metatranscriptomics)的研究对象是微生物组mRNA,在获取微生物组总RNA并去除rRNA之后,反转录为cDNA,并构建合适长度的插入片段文库,对这些文库进行双端(Paired-end,PE)高通量测序,从而能精确定量整个菌群中具有活性的物种精细组成及其对应功能的表达水平,进而锁定菌群中的关键生物标记物、阐明其生物学意义。

产品特点

1. 业界公认的总RNA提取方法和rRNA去除技术,专业、高校、稳定;

2. 使用Illumina HiSeq系列超高通量测序平台,周期更短,每个样本都能一次性获得至少10 Gb的测序数据量,真正实现对活性物种和表达功能的精确定量;

3. 多种功能注释数据库可选,根据研究需求选择KEGG/EggNOG/CAZy/NR/Swiss-Prot/GO/VFDB/CARD等数据库,最优化宏转录组的活性功能代谢谱注释;

4. 通过微生物基因信息精确识别物种来源,获取种以及种以下水平的“高分辨率”活性物种精细组成谱;

5. 通过多种多变量统计分析和机器学习方法,系统、深入地挖掘宏转录组大数据中差异相关的活性物种和对应功能,从而精确识别关键的活性生物标记物。

实验流程

微生物组总RNA提取→核糖体RNA去除→mRNA片段化→反转录cDNA→cDNA文库构建并定量→上机进行高通量测序

分析流程

典型分析结果展示

KEGG代谢通路差异分析图

Unigene表达量差异分析MA图

Unigene表达量差异分析火山图

值得一试的深度分析内容

分析项目

分析要求

分泌蛋白预测分析

 

III型分泌系统效应蛋白预测分析

 

MOCAT2宏转录组分析流程