宏基因组测序研究
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宏基因组测序研究

宏基因组学(Metagenomics)研究通过全基因组鸟枪法(Whole Genome Shotgun,WGS)测序策略,将提取获得的微生物组总DNA随机打断为短片段,并构建合适长度的插入片段文库,对这些文库进行双端(Paired-end,PE)高通量测序,从而能全面精细地展示整个菌群的功能代谢谱和物种精细组成谱,进而在组成和功能水平分别挖掘关键生物标记物,从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥作用的根本机制。

产品特点

1. 直接对菌群样本中的基因片段进行测序,真实再现菌群复杂而精密的生态功能;

2. 使用Illumina HiSeq系列超高通量测序平台,周期更短,每个样本都能一次性获得至少10 Gb的测序数据量,真正实现对物种和功能的精确定量;

3. 多种功能注释数据库可选,根据研究需求选择KEGG/EggNOG/CAZy/NR/Swiss-Prot/GO/VFDB/CARD等数据库,最优化宏基因组功能代谢谱注释;

4. 通过微生物基因信息精确识别物种来源,获取种以及种以下水平的“高分辨率”物种精细组成谱;

5. 通过多种多变量统计分析和机器学习方法,系统、深入地挖掘宏基因组大数据中差异相关的关键物种和关键功能,精确识别关键生物标记物。

实验流程

微生物组总DNA提取→DNA片段化→连接接头序列→纯化、富集DNA片段→测序文库定量→上机进行高通量测序

分析流程

典型分析结果展示

KEGG代谢通路差异分析图

LEfSe组间差异的KEGG功能分类等级树图

EggNOG功能类群组间差异分析图

种水平精细分类组成的Krona交互展示图

CAP主坐标典型相关分析图

功能——物种一致性Procrustes分析图

值得一试的深度分析内容

分析项目

分析要求

分泌蛋白预测分析

 

III型分泌系统效应蛋白预测分析

 

HUMAnN2宏基因组分析流程

 

MOCAT2宏基因组分析流程

 

基于Canopy算法的宏基因组优势菌株组装

样本≥ 20