全转录组测序
产品介绍
经典案例一
经典案例二
常见问题

产品介绍

全转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。包括mRNA、LncRNA、microRNA和circRNA等。可针对一份样本,同时分析mRNA、LncRNA、microRNA和circRNA,揭示转录调控问题。可广泛应用于免疫机制研究、疾病领域研究、发育进化研究、致病机理研究和药物靶标研究等。

派森诺生物采用Ribo-Zero Gold rRNA Removal Kit(Illumina)去除总RNA中的rRNA,构建链特异性文库测序,获取LncRNA、mRNA、circRNA序列信息;采用TruSeq Small RNA Sample Prep Kit(Illumina)富集Small RNA测序,获取Small RNA序列信息。

技术路线 

测序平台

Illumina HiSeq平台,Illumina NextSeq 500平台

分析内容

分析项目

分析项目

原始数据整理、过滤及质量评估

已知 miRNA 注释

参考基因组注释信息整理

已知 piRNA 注释

比对到参考基因组及结果评估

ncRNA 分析

基因表达量统计

新 miRNA 预测

表达差异基因分析

Small RNA 分类注释统计

表达差异基因GO富集分析

miRNA 丰度差异分析

表达差异基因KEGG富集分析

circRNA,miRNA,mRNA及LncRNA联合分析

表达差异基因聚类分析

组间共有特有差异基因可视化

cSNP分析

转录组可视化平台搭建

新转录位点预测

转录本表达差异分析

可变剪切分析

外显子表达差异分析

UTR分析

蛋白网络互作分析

circRNA筛选

基因组圈图

circRNA表达量统计

共表达网络分析

circRNA来源基因分析

比较转录组分析

circRNA差异表达分析

已知 miRNA 碱基偏好性

差异circRNA GO富集分析

已知 miRNA 碱基编辑

差异circRNA KEGG富集分析

miRNA 家族分析

差异circRNA 聚类分析

miRNA 保守性分析

miRNA结合位点分析

差异表达 miRNA 聚类分析

LncRNA编码潜能筛选

miRNA靶基因预测

LncRNA靶基因预测

miRNA靶基因富集分析(GO)

LncRNA表达量统计及差异分析

miRNA靶基因富集分析(KEGG)

差异表达LncRNA靶基因富集分析

 

结果展示

miRNA-mRNA网络调控分析

miRNA-LncRNA网络调控分析

miRNA-circRNA网络调控分析

全转录组网络调控图