利用Illumina Long-read测序技术对人和小鼠脑组织进行转录组测序 

 
      近日,斯坦福大学教授Michael P Snyder和他的团队利用Illumina HiSeq平台的Long-read测序技术成功对人和小鼠的脑组织完成转录组测序。研究成果发表在Nature Biotechnology杂志(IF: 41.514)上。

Michael P Snyder教授和他的团队的研究成果为首篇利用Illumina平台的Long-read测序技术进行转录组测序的文章,具有重大意义。

作者将Long-read测序的结果同先前的PacBio平台转录组测序结果进行比较,发现Long-read平台在测序时5‘端的碱基错误率低于PacBio平台的结果。

作者将本文的Long-read测序平台得到的平均读长进行统计,人脑样本的RNA平均长度为1,906bp,小鼠脑样本的RNA平均长度为1,849bp,均高于之前文章中利用PacBio平台对人转录组的测序长度。

此外,作者对测序结果中的同源异构体(isoform)做了分析,发现较多新的同源异构体,并对新的同源异构体在编码基因、lncRNA、假基因中的分布做了统计。对某些特定基因的同源异构体进行分析,发现存在内含子保留事件和长转录本的外显子跳跃事件。

最后,对交替外显子的分子关联做了分析,包括不同FDR值条件下的特有远端交替外显子的数量进行统计,以及对人和小鼠的远端分子关联外显子的保守性进行了分析。

与现有的Illumina、PacBio平台的转录组测序技术相比,Illumina long-read测序技术兼顾Illumina的测序深度大、PacBio平台读长长的特点,保证了表达量的正确性和转录本结构的正确性,为转录组测序的研究提供了更为可靠的技术手段。 

派森诺生物市场部整理 

原文检索:

Hagen Tilgner, Fereshteh Jahanbani, Tim Blauwkamp et al. Comprehensive transcriptome analysis using synthetic long-read sequencing reveals molecular co-association of distant splicing events. Nature Biotechnology 33, 736–742 (2015) doi:10.1038/nbt.3242