自然通讯:让RNA分析更容易的新工具
 
    生物通报道:最近,由美国国家标准与技术研究所(NIST)开发的一种新的创新型“仪表板”,它不会帮你开车,但是却有助于生物学中的重复性研究。
    在《自然通讯》(Nature Communications)发表的一篇论文中,一个国际多实验室团队演示了一种新的软件工具——erccdashboard,来评估用以研究基因表达的实验方法的性能。
     该分析工具被设计为,与NIST主持的External RNA Controls Consortium(ERCC)开发的RNA spike-in对照一起使用。这些ERCC对照是由External RNA对照(2013年由机构发行,标准参考资料2374)DNA序列实验室产生。
     本文第一作者Sarah Munro称:“在基因表达实验中,科学家们试图通过同时量化基因组表达的几千个RNA分子,来了解细胞的生物活性如何由包含在其基因组中的遗传信息而引起。”
     Munro说,由erccdashboard提供的验证,是确保这些复杂实验的重复性所必不可少的。她解释说:“基因表达实验的结果往往被用来做出医疗决定,例如识别哪种药物对于特定患者是最好的。我们的新软件工具,可以使研究人员测量这种方法用于任何实验的性能,评估实验随时间推移、在实验室之间的重复性和再现性,并确认这些结果是可信的。”
     Erccdashboard提供了第一种标准化的方法,用于任何实验室来评估基因表达分析的质量。ERCC spike-in控制材料来自于NIST SRM 2374,由96种不同的DNA分子组成,每种都有一段特定认证的基因序列。该DNA产生的不同RNA分子,可以混合成确定比例的“鸡尾酒”,然后用来“spike”RNA分子的生物样品。RNA "spike-in"分子作为对照,来检测实验的技术性能。为了避免干扰由样品RNA分子组成的测量,ERCC对照RNA序列,旨在与许多研究人员研究的各种哺乳动物细胞(例如人类或小鼠细胞)中发现的RNA序列不同。
     Munro说,此前,没有标准的技术方法来分析基因表达实验中所获得的数据。她解释说:“ERCC对照材料,使我们新的验证工具——erccdashboard的发展成为可能。”
     Munro说,新的NIST软件,为生物学家评估任何基因表达实验,提供了一种简单的“交钥匙”机制。她说:“它的性能指标,被设计成不依靠实验所用测量技术的类型,所以当技术随着时间的推移而提高时,结果还可以进行比较。利用dashboard,将使重复性研究成为可能,并防止研究人员从低质量的实验数据得出错误的结论。”
     Munro说,开发dashboard的NIST团队下一个目标是,将这种软件应用到分析ERCC目前正在研发的一组新RNA对照分子。最终,该团队计划把这种工具的使用范围扩展到蛋白质测量。
 
(生物通:王英)